Auch in der Saison 1964/65 überzeugt Altona 93 und wird Dritter in der Regionalliga Nord. Nachdem im Jahr vorher Kautz mit 22 Toren der treffsicherste Stürmer war, trifft diesmal der junge Jugendnationalspieler Kallius 21 mal. Nach einem Mittelplatz 1965/66 steht Altona 93 Ende 1966 mit drei anderen Klubs punktgleich an der Spitze und schlägt im DFB-Pokal den Bundesligisten 1.FC Nürnberg. In der Runde der letzten 32 verzichtet Altona 93 auf den Heimvorteil und weicht im Spiel gegen den HSV aus in das Volksparkstadion, wo 33.000 Zuschauer ( die für den AFC höchste Kulisse der Vereinsgeschichte ) aber eine deutliche 0:6 Niederlage sehen, als insbesondere Uwe Seeler und Charly Dörfel für den HSV überzeugen.
Nach einer schwachen Rückrunde 1966/67 bringt die Saison 1967/68 den Abstieg für den AFC aus der 2.Liga, nachdem Altona 93 viele Stammspieler aus finanziellen Gründen verloren hat.

In der 3.Liga, der Landesliga Hamburg, wird Altona 93 1969 Sechster, 1970 nur noch Zehnter und nach sehr schwachen Leistungen 1971 klar abgeschlagen Letzter. Aber der Aufenthalt in der 4.Liga dauert nur ein Jahr, dank des großartigen Regisseurs Kurth und des Torjägers Mollenhauer ( 28 Tore ) steigt Altona 93 als Meister sofort wieder auf, wobei das entscheidende Schlusspiel beim Harburger SC vor der großartigen Kulisse von 5.000 Besuchern mit 3:1 gewonnen wird. In der höchsten Hamburger Klasse spielt der AFC unter Trainer Wendlandt in den nächsten sechs Jahren eine erfreuliche Rolle, erreicht 1975, 1976 und 1977 die Aufstiegsrunde zur Amateurliga Oberliga Nord, schafft den Wiederaufstieg aber nicht. Im DFB-Pokal scheitert Altona 93 1975 erst im Achtelfinale beim Bundesligisten MSV Duisburg. 1981 wird der AFC nach einer ganz schwachen Saison weit abgeschlagen Letzter und steigt in die 5.Liga ab.

Trotz einer glänzenden Saison mit nur 14 Verlustpunkten schafft Altona 93 1982 nach einer Niederlage in der Verlängerung im Entscheidungsspiel gegen des FSV Harburg den Wiederaufstieg nicht. Dies gelingt aber im Jahr danach unter Trainer Willi Reimann ganz souverän mit nur 8 Minuszählern. 1983/84 erreicht der Neuling Altona 93 auf Anhieb Platz 2 in der Hamburger Verbandsliga und anschließend in der Aufstiegsrunde den Aufstieg in die Amateurliga-Oberliga Nord.

Von 1984 – 1993 gehört Altona 93 der höchsten norddeutschen Spielklasse an. Nach einem Mittelplatz in 1985 erreicht das Team von Trainer Reimann 1985/86 einen großartigen vierten Platz, nachdem über etliche Wochen auf Platz 1 oder 2 die Aufstiegsrunde zur 2. Bundesliga greifbar ist. Die Teilnahme an der Endrunde um die deutsche Amateurmeisterschaft wird nur um einen Punkt verfehlt. Im DFB-Pokal scheitert der AFC erst an Bundesligisten, 1984 an Bayer Leverkusen, 1985 in der Verlängerung an Fortuna Düsseldorf.  Nach Mittelplätzen 1987 und 1988 belegt der AFC in der Saison 1988/89 Rang sechs, der aber gemessen am guten spielerischen Potential der Mannschaft doch etwas enttäuscht. In den folgenden Jahren vermeidet Altona 93 zunächst mit großen Anstrengungen jeweils den Abstieg, muß aber 1993 trotz ansprechender Leistungen den Abstieg als Drittletzter in Kauf nehmen.

1993/94 wird mit dem 7.Platz die neue Oberliga Hamburg-Schleswig-Holstein erreicht, außerdem gewinnt der AFC gegen den VfL 93 zum vierten Mal den Hamburger Totopokal seit 1984. Anfang der Saison 1994/95 empfängt Altona 93 den Bundesligisten Borussia Dortmund in der DFB-Pokal-Hauptrunde und verliert vor fast 10.000 Zuschauern nur knapp 0:2. Den Aufstieg in die Regionalliga verpasst der AFC nur hauchdünn gegenüber dem punktgleichen SC Norderstedt.  Dieser Aufstieg gelingt dafür im Folgejahr 1995/96, als die Mannschaft von Trainer Schatzschneider Meister der Oberliga wird.

In der Regionalliga Nord, nach einer Neuordnung gibt es nur noch drei weitere in Deutschland, schlägt sich der Außenseiter Altona 93 viel besser als vorher erwartet, wenngleich am Schluß als Viertletzter der Abstieg aus der 3. Liga hingenommen werden muß.  Der Vorstand des Vereins beschließt, darüber hinaus auf die 4.Liga aus finanziellen Gründen zu verzichten, so dass der AFC künftig in der 5.Liga spielt. 1998 und 1999 wird nur mühsam der Abstieg aus dieser Liga vermieden. Nach einem beachtlichen 2.Platz in der Saison 1999/2000 wird  2001 der Aufstieg erst in einem Qualifikationsspiel gegen Kilia Kiel knapp im Elfmeterschießen verfehlt. Der 2.Platz 2001/2002 führt dann aber zum Aufstieg in die 4.Liga, der Oberliga Hamburg-Schleswig-Holstein. Hier wird  2002/2003 ein sicherer Mittelplatz belegt, in der Saison 2003/2004 dann ein hervorragender 2. Platz, wodurch der Aufstieg in die neue eingleisige Oberliga Nord ( wie schon in früheren Jahren bestehend aus den Amateur-Spitzenvereinen der Verbände Niedersachsen, Bremen, Hamburg und Schleswig-Holstein ) erreicht wird.